Référentiels taxinomiques et indicateurs

Avec la mise en œuvre des programmes de surveillance DCE, générant la collecte d’un très important volume de données produites par de multiples opérateurs sous la responsabilité de nombreux gestionnaires et donneurs d’ordres, l’harmonisation de la forme des données pour la mise en commun est indispensable. De même, la mise en relation des bases de données entre elles et avec des systèmes centralisés d’exploitation de ces données nécessite la définition de protocoles d’échange précis et standardisés.

Le SANDRE

Le rôle du SANDRE, Service d’administration nationale des données et référentiels sur l’eau, est précisément de construire et de gérer un important dispositif de référentiels de codification et de scénarios d’échanges de données sur l’eau.

L’utilisation de ces systèmes en France, en tant que cadre du stockage, des échanges et de l’utilisation des données, a été clairement définie dans le SNDE, Schéma national des données sur l’eau. Ce Schéma a été rendu règlementaire par l’arrêté ministériel du 10 octobre 2018, en révision de celui du 26 juillet 2010.

Dans ce schéma, Irstea assure un appui à la maintenance des référentiels TAXONS du SANDRE, et participe également à la révision des référentiels METHODES et PARAMETRES. Ces actions sont inscrites dans le programme d’AQUAREF, en partenariat avec les autres établissements de ce consortium d’appui aux politiques publiques pour la mise en œuvre de la DCE en France.

L’ensemble des documents de référence qui précisent les codes et les scénarios d’échange sont disponibles sur le site du SANDRE.

Ces référentiels sont très évolutifs, intégrant des corrections et de nouveaux codes au fur et à mesure de leur apparition dans les données, de même que  les adaptations aux systèmes d’information actuellement développés au niveau national (SEEE). Il donc est fortement recommandé de mettre à jour régulièrement les référentiels qui seraient utilisés dans des applications locales de l’opérateur  (tableaux ou bases de données).

Stabiliser le calcul des indicateurs : les tables de transcodage

Le calcul de la plupart des indicateurs développés pour l’évaluation DCE reposent sur une liste de taxons contributifs, affectés d’attributs quantitatifs et qualitatifs décrivant leur caractère indicatif (profils écologiques, affinité trophique, traits écologiques ou biologiques, coefficient de sténoécie, etc.). Cette liste de taxon partie intégrante de chaque indicateur est fixe.

Or, l’évolution des appellations découlant des pratiques, de l’augmentation des compétences ou des révisions taxinomiques, ainsi que la réorganisation épisodique de la nomenclature de certains groupes biologiques, entraîne une évolution du nombre et de l’appellation des taxons qui apparaissent dans les listes issues de l’acquisition des données par les opérateurs dans les réseaux de surveillance.

Afin de garantir la stabilité des indicateurs, qui doivent continuer à pouvoir exploiter la totalité des résultats hydrobiologiques collectés malgré cette dérive des appellations, des tables de transcodage ont été élaborées. D’abord utilisée pour la méthode Macrophytes en cours d’eau (indicateur : IBMR), elle ont été généralisées à tous les indicateurs fonctionnant sur ce même principe.

Il s’agit de tables mettant en correspondance les appellations de taxons qui apparaissent dans les résultats au fur et à mesure des campagnes de surveillance avec les appellations des taxons indicateurs qui avaient été définis lors de l’élaboration de chacun des indicateurs. Ainsi, les nouvelles appellations (synonymes) ou les nouveaux taxons (espèces invasives, espèces amphibies, espèces rares, etc.) sont gérés quant à leur prise en compte dans le calcul des indicateurs. La généralisation du principe de transcodages a été à l’origine de la mise en place de la Forge Taxinomie et bioindication.

La forge Taxinomie et bioindication

Avec le développement des outils d’évaluation de l’état écologique des masses d’eau de surface et la multiplication des acteurs et gestionnaires de ces outils, de nouveaux besoins sont apparus : harmonisation, pérennisation, stabilisation et sécurisation des outils d’évaluation et de la gestion des référentiels nécessaires au calcul de l’ensemble des indicateurs.

Pour répondre à ce besoin, une « forge » logicielle SIE, proposée par la mission « Gouvernance de la prise en compte des évolutions taxinomiques pour la surveillance et l’évaluation des indicateurs et référentiels » mandatée par le du Groupe de Coordination inter-Bassins (GCiB), a été mise en place par l’ONEMA. Opérationnelle pour  plusieurs méthodes depuis septembre 2016, cette forge a vocation à être la plate-forme d’échanges publique ouverte à l’ensemble des utilisateurs.
Tous les producteurs ou gestionnaires de données de surveillance peuvent l’utiliser pour demander la création de codes taxons, la prise en compte d’un nouveau taxon, signaler un manque, une incohérence ou un problème dans les référentiels ou les tables de transcodage, poser une question sur l’utilisation des référentiels ou des scripts de calcul ou sur le fonctionnement des indicateurs eux-mêmes.
Cet outil centralisé remplace les différents guichets ou outils qui existaient, souvent par contact direct avec les experts en charge du développement des indicateurs. Pour renforcer le consensus et la pertinence des mises à jours, il est géré par un groupe d’experts pour chaque méthode (DREALs, AFB, MNHN, scientifiques). Il constitue « l’atelier » unique de gouvernance des indicateurs et d’élaboration et de maintenance des référentiels, tables de transcodage et scripts implémentés dans le SEEE (Système d’Evaluation de l’Etat des Eaux) tel qu’il a été redéfini.
Dans cette première phase, les méthodes qui y sont disponibles concernent les macrophytes (IBMR), les diatomées (IBD), les invertébrés (IBGN IBG-DCE/I2M2).
Les règles de gestion des référentiels pour l’indicateur IBMR sont expliquées dans le rapport Aquaref de cette action.

La Forge Taxinomie et Bio-indication est accessible sur la forge logicielle SIE Eaufrance, par une simple auto-inscription sur le site.

Implémentation dans les outils pratiques

Actuellement, bien que les utilitaires mis à disposition aient évolué vers leur conformité aux référentiels SANDRE, ils ne fournissent pas encore tous une version des données répondant à cette prescription pour tous les éléments biologiques. Leur mise à jour est en cours, conjointement au développement des outils.

Conformément au schéma de gouvernance mis en place, le SEEE constitue la référence pour les scripts de calcul et les référentiels (référentiels taxinomiques et tables de transcodage), en s’appuyant sur la forge Taxinomie et bioindication. Les outils pratiques de gestion des données ou de calcul des indicateurs, qu’ils soient institutionnels (Agences de l’eau) ou d’initiative privée (logiciels commerciaux ou partagés, scripts dans les bases de données) doivent se conformer à ces références, qui sont accessibles sur le site du SEEE pour une utilisation libre.

 

Contact :

Christian CHAUVIN – Irstea Bordeaux